Commentaires d'experts sur deux variantes du SRAS-CoV-2, l'une au Botswana (B.1.1529) et l'autre aux États-Unis (B.1.628)
Sur la lignée B.1.1529 au Botswana :
Le Professeur Ravi Gupta, professeur de microbiologie clinique à l'Université de Cambridge, a déclaré :
"B.1.1.529 présente des signatures de mutation cumulative indiquant qu'il est apparu dans une infection chronique.
" La souche B.1.1.529 semble certainement très préoccupante au vu des mutations présentes. Il a été démontré que nombre d'entre elles ont un impact sur la fixation par les anticorps neutralisants, et certaines sont connues pour augmenter la capacité du virus à entrer dans les cellules ou à les faire fusionner pour permettre la propagation de cellule à cellule."
Le professeur François Balloux, professeur de biologie des systèmes informatiques et directeur de l'Institut de génétique de l'UCL, a déclaré :
B.1.1529 est une nouvelle lignée découverte au Botswana qui porte une constellation inhabituelle de mutations. Compte tenu du grand nombre de mutations qu'elle a accumulées apparemment en une seule fois, elle a probablement évolué au cours d'une infection chronique d'une personne immunodéprimée, peut-être chez un patient VIH/sida non traité.
"Il est difficile de savoir ce qu'il faut penser de la présence de P681H et de N679K. C'est une combinaison que nous ne voyons qu'exceptionnellement rarement. Je pense qu'elle n'est généralement pas "stable", mais elle pourrait l'être, en combinaison avec d'autres mutations/délétions.
"Je m'attendrais certainement à ce qu'elle soit mal reconnue par les anticorps neutralisants par rapport à l'Alpha ou au Delta. Il est difficile de prédire son degré de transmissibilité à ce stade.
"Jusqu'à présent, quatre souches ont été séquencées dans une région de l'Afrique subsaharienne où une surveillance raisonnable est en place. Elle peut être présente dans d'autres régions d'Afrique.
"Pour l'instant, il convient de la surveiller et de l'analyser de près, mais il n'y a aucune raison de s'inquiéter outre mesure, à moins que sa fréquence ne commence à augmenter dans un avenir proche."
Sur la lignée B.1.628 aux États-Unis :
Le professeur François Balloux, professeur de biologie des systèmes informatiques et directeur de l'Institut de génétique de l'UCL, a déclaré
Il a été démontré que le B.1.628 a probablement émergé par un événement de recombinaison plutôt que par une accumulation séquentielle de mutations et de délétions. Tous les coronavirus ont tendance à se recombiner facilement entre les souches de la même espèce, et le SRAS-CoV-2 ne fait probablement pas exception.
Des "souches recombinantes" putatives de SRAS-CoV-2 ont déjà été identifiées. Cependant, c'est la première fois que l'on a la preuve que cela s'est produit dans une lignée qui a connu un succès raisonnable.
"La souche B.1.628 a atteint une prévalence mondiale de ~0,5 % au cours de l'été 2020, mais elle est probablement éteinte à l'heure actuelle. Rien ne prouve qu'elle soit plus transmissible, plus virulente ou plus apte à échapper à la reconnaissance immunitaire que les autres lignées de SRAS-CoV-2.
Lignée B.1.1529 au Botswana : https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343